查干湖旅游经济开发区具有丰富的自然资源。全国著名淡水湖之一的查干湖位于开发区内，总面积500平方公里，湖面南北长37公里，东西平均宽17公里，年均蓄水量约7亿立方米，平均水深2.5米，湖岸线蜿蜒曲折，长达128公里，是吉林省最大的淡水湖之一，是著名的渔业生产基地和芦苇生产基地。有鱼类15科68种，年产鲜鱼6000吨，水花1.5亿尾，鱼苗350吨，芦苇5万吨。查干湖及周边地下蕴藏着丰富的石油和天然气资源。

1986年，查干湖被批准为省级自然保护区。开发区成立以后，经过近几年的开发建设，2007年，查干湖又被国务院批准为国家级自然保护区，自然保护区面积由原来的480平方公里增至506.84平方公里。保护区内现有鸟类15目34科239种，其中水禽类13科116种，有国家一级保护的东方白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、金雕、白尾海雕、大鸨、中华秋沙鸭等9种，有国家二级保护的白天鹅、灰鹤、雀鹰、黑脸琵鹭等共35种。有野生植物200余种，其中药用植物149种。

查干湖鱼类按其起源、分布和生态特征可分以下四类：

第一类：北极淡水鱼类江鳕，这是一个典型的冷水性鱼类。

第二类：北方平原复合体。如鲫鱼、花鳅、狗鱼等。

第三类：中国平原复合体。包括鲢鱼、鳙鱼、团头鲂、麻连鱼、草鱼等。

第四类：三纪早期复合体。包括鲶鱼、鲤鱼、麦穗。这是一群比较古老、生活适应力很强、分布幅度较大的鱼类。